抵达武昌后,江忠源被正式任命为湖北按察使(臬司),并兼任盐道一职。面对武昌城中战后的惨状——大部分官署和民舍被焚毁,幸存者不足十分之一,尸体遍地——江忠源与新任湖北巡抚骆秉章、布政使严正基等官员共同采取了一系列措施来恢复秩序和重建城市。这些措施包括修复城墙、制作防御工事、恢复商业活动、救济难民、平定地方匪患、缉拿逃散的叛军以及筹措军粮等。通过这些努力,武昌逐渐恢复了生机。
不久之后,江忠源亲自率领所部楚勇,成功平定了通城、崇阳、嘉鱼、蒲圻等地的民乱。随着局势的稳定,原本留守湖南的楚勇也奉命北上,重新归入江忠源麾下。而此时,太平军已经离开武昌,顺长江而下,经江西、安徽进入江苏,最终占领了南京,并将之改名为天京,作为太平天国的首都。向荣接替徐广缙成为钦差大臣,率大军尾随至天京城外,在孝陵卫一带建立了江南大营。鉴于江忠源表现出色且忠诚可靠,清廷决定派他前往江南大营协助处理军务。
江忠源接到命令后,立即卸下了臬司和盐道的职务,并提出了关于军事事务的八条建议。随后,他带领约一千七百名楚勇启程前往江南大营。途中,他还受张亮基之命,顺道前往广济(今湖北武穴)平定了当地因抗粮引发的暴乱。在与数万暴民的交战中,江忠源取得了三次胜利,充分展示了其卓越的指挥能力。
此时,太平天国发动了大规模的北伐和西征行动。北伐部队的目标是北京,他们自扬州出发,穿过安徽,计划经河南、山东北上。面对这一威胁,清廷迅速作出反应,派遣江忠源前往凤阳,与正在安徽督办军务的周天爵合作,阻击太平军的北进步伐。为此,江忠源将广济的善后事宜交给了道员徐丰玉和提督阿勒经阿处理,自己则率领部队沿长江而下,准备经九江进入安徽境内。
六、战江西
江忠源率部行至九江时,太平军的西征部队已经攻入江西,并迅速向江西省城南昌逼近。面对这一紧急情况,江西巡抚张芾紧急召请江忠源前往南昌支援。江忠源意识到凤阳已是一片残破之地,而南昌尚完好无损,是更为重要的战略要地。因此,他上书朝廷,请求改变路线,先援助江西。在得到批准后,江忠源从所部楚勇中挑选了一千三百名精兵,经过三昼夜的急行军,行程五百里,终于赶在太平军围城之前抵达南昌。这种快速反应令太平军感到震惊。
到达南昌后,江西巡抚张芾授予江忠源王命旗牌,使他得以全权指挥城防事务。为了加强防御,江忠源采取了一系列果断措施。首先,他下令烧毁城外的民宅,以消除太平军可能利用的掩护;接着,对逃兵进行了严厉处置,斩杀了一些临阵脱逃者,以此来稳定军心。此外,江忠源亲自驻守章江门,日夜监督战事,确保每一处防线都万无一失。
随着战斗的进行,太平军试图通过挖掘地道来攻破城墙。有一次,地道成功导致了城墙坍塌数十丈。面对这一危机,江忠源立即组织兵力反击,斩杀了试图登城的叛军,并命令士兵用土囊将缺口堵住。随后,他还多次派出敢死队潜入敌营,焚毁太平军的营地和物资,有效地削弱了对方的战斗力。
与此同时,湖南方面的援军也陆续赶到南昌。江忠源趁机分兵扼守樟树镇,防止太平军从侧翼进攻,并派遣罗泽南带领部队剿平了泰和、万安、安福等县的地方匪患,进一步巩固了南昌周边的安全环境。
在整个南昌保卫战期间,江忠源坚守城池长达九十余日。在这段时间里,他多次击破太平军的营垒,击沉多艘敌船,成功抵挡住了太平军的猛烈攻势。最终,在八月,由于长时间无法攻克南昌,加之其他战场的压力,太平军被迫撤退。江忠源在南昌保卫战中的表现得到了清廷的高度认可。咸丰帝为表彰他的卓越贡献,特赐予二品顶戴。
七、擢任巡抚
太平军在江西的攻势受阻后,转而退守九江,并分兵扰乱湖北兴国,进而进犯田家镇(今属湖北武穴)。江忠源闻讯后,率领两千兵马前往支援,并亲自带领数十名亲兵先行赶到田家镇。然而,次日太平军发动猛烈攻击,道员徐丰玉等人在战斗中阵亡。面对这一失利,江忠源上表自劾,请求朝廷处分。尽管如此,朝廷考虑到他的忠诚和能力,决定将他降四级留任,并随后升任为安徽巡抚。
不久之后,太平军攻陷了黄州、汉阳,并围困了武昌。江忠源迅速沿长江进击,成功大败太平军,解除了武昌之围。但在这场胜利之后,江忠源的部队被留在湖北继续防守,他自己则只带着两千兵马赶赴庐州(今安徽合肥)。
在前往庐州的过程中,江忠源和他的部队经历了艰难的行军。他们冒雨前行,将士们疲惫不堪,江忠源本人也因病倒下。当他们到达六安时,得知太平军已经攻陷了桐城和舒城。庐州知府胡元炜派人紧急求援,并谎称庐州城内兵力充足、军饷充裕。基于这些信息,江忠源不顾六安军民的挽留,留下一千兵马守卫六安,自己则带病继续前往庐州。
1853年十一月,江忠源终于抵达庐州,却发现实际情况与胡元炜所言大相径庭。城内总共只有三千人马,而且粮草和军火都严重短缺,已经被太平军重重包围。尽管意识到自己被胡元炜欺骗,且庐州难以保全,江忠源仍坚决不肯弃城退守。他认为胡元炜不仅未能有效布置防务,还通过谎言贻误了战机,多次对其进行了严厉斥责。为了稳定局势,江忠源亲自驻守水西门,多次击退了太平军的进攻。
江忠源的坚守和英勇表现得到了朝廷的高度赞扬,赐予他“霍隆武巴图鲁”的勇号,以表彰其卓越的军事才能和坚定的决心。然而,此时的形势对江忠源来说依然极为不利。陕甘总督舒兴阿因畏惧太平军的强大攻势,不敢前进;江忠源的弟弟江忠濬和好友刘长佑也被阻挡在庐州城外五里处,无法提供有效的援助。
八、殉死及身后
咸丰三年(1853年)十二月,庐州城内的局势已经到了极其危急的地步。此时,庐州知府胡元炜竟然私通太平军,向他们泄露了城中的虚实。这一背叛行为使得太平军更加猛烈地攻城,并最终成功炸毁了水西门,攻入庐州城内。
面对城破的绝境,江忠源深知大势已去,他拔刀欲自刎以身殉国,但被身边的亲兵阻止。都司马良勋试图背着他逃出战场,然而江忠源不愿苟且偷生,猛咬马良勋的耳朵,奋力挣脱,继续与太平军殊死搏斗。在战斗中,江忠源身中七处创伤,伤势严重,但仍坚持抵抗。当他到达水闸桥时,由于伤重无法再战,毅然跳入古塘中自杀,时年四十二岁。
在这场惨烈的战斗中,布政使刘裕珍、池州知府陈源兖、同知邹汉勋、胡子雝等人也一同英勇战死,而叛徒胡元炜则投降了太平军。八天后,江忠源的尸体被部卒周昌迹找到并背出,令人惊讶的是,尽管经历了多日的浸泡,他的面容依然如生前一般。
江忠源的壮烈牺牲震惊了朝廷,清廷为了表彰他的忠诚和英勇,追赠他为总督,并赐予骑都尉兼云骑尉世职,同时赐谥“忠烈”。此外,江忠源的灵位被安放在昭忠祠中,供后人缅怀。
随着时间的推移,太平天国运动在同治三年(1864年)终于被彻底平定。清廷为了纪念江忠源在平定太平天国过程中的卓越贡献,再次追赠他为三等轻车都尉世职,并下令在湖南和江西为他建造专祠,以示永远的纪念。