13英杰企划:爱丽希雅向【逐火之蛾】高层提出13英杰设立,但是由于融合战士数量的稀少,以及融合战士CM-001凯文在约束的惨剧中的骇人表现。13英杰制度被否认,【逐火之蛾】高层尝试提出5英杰制度作为替代被爱丽希雅否决。第二天爱丽希雅在【黄金庭院】向伙伴宣布13英杰成立。事后13英杰开始将被调往各个基地。爱丽希雅在离开前委托维尔薇制作往世乐土的巨大装置,通过名为【SO-1129】的手术对13英杰的人格记忆进行保留更新。
调派基地前,千劫向凯文发起挑战结果落败。
13英杰进行第一次也是最后一次团建活动,拍摄电影《夏日生存狂想曲》,拍摄结束后集体观影。
【恒沙计划】:利用【神之键】千界一乘的空间能力,交由精神系融合战士苏对平行世界进行观测学习并且寻找对抗崩坏的方法。
梅博士和人工智能AI普罗米修斯进行登月,通过对月球遗迹的检测最终得出五万年轮回的结论,根据经验判断一共将会有14位律者,并且一切会在终焉律者手中毁灭
融合战士CM-004樱的妹妹铃被检测出体内庞大的崩坏能,疑似为第十二律者的真身。融合战士CM-002爱丽希雅自称接受任务前往三千公里外追踪捕获律者吸引【逐火之蛾】其他高层注意,实际上由梅博士以组队提议为借口传唤樱,爱丽希雅出现在房间密谈中私下告知樱关于第十二律者的消息,boshi给予樱机会暗中带铃逃跑。樱回到家中后试图偷偷带着妹妹逃跑,但是铃出于对姐姐的关怀和对世界的担心拒绝逃跑主动前往【逐火之蛾】进行看守。
持续的关押消磨了铃和【逐火之蛾】看守的意志,双方都开始感到恐惧和孤独受到心灵的折磨。但是出于作为领导的责任梅博士不能轻易放走疑似律者的关押对象。在基地中存放着大量核弹,一旦关押对象成为律者,核弹将作为最后的消灭律者手段。
第十二次崩坏:在融合战士CM-002爱丽希雅的协助下,融合战士CM-004樱潜入关押基地试图拯救妹妹铃。同一日,基地内的看守们在【戒律】结合恐惧的影响下杀死了铃,第十二律者觉醒。第十二律者觉醒后生成了大量黑雾从下层侵蚀了看守将整个基地的人类开始转换为死士。
融合战士CM-004樱突入基地时遭遇了融合战士CM-001凯文,在对峙中樱使用了冻结时间的必杀技【长暗无明】逃走到达关押妹妹的牢房目睹妹妹的尸体陷入失神。凯文追到牢房后,梅博士通知第十二律者觉醒,樱听到该消息后恢复意识再度使用必杀孤身寻找第十二律者。
第十二律者的侵蚀除了作用于生物体,还能够对电子设备进行侵蚀。第十二律者控制了基地的电子设备封死出口,并且将基地内的核弹发射向人类最后的3座城市,毁灭了人类最后的城市
融合战士MSA-209华使用【神之键】羽渡尘制造意识分身对抗死士入侵,期间樱在与第十二律者展开战斗重伤,使得第十二律者的意识出现短暂的紊乱。梅博士抓住短暂的机会将第十二律者封入了特制的的黑盒子,凯文找到了重伤濒死的樱后告知她这个结果,目睹战友的逝去。
第十二次崩坏结束后,核弹制造者维尔薇找到第五科学部部长苏进行心理咨询。咨询结束后提出要求回收苏持有的【神之键】万物休眠,尝试将这件【神之键】从武器改造为保存生机的冷冻仓。凯文遵循樱的心愿将她的尸体带往极东之地故乡的樱花树进行埋葬。但是到达极东之地后只有满地的荒芜,空无一物。
千劫对第十二次崩坏基地的生还凶手进行报复,并且直接面对下达【戒律】的阿波尼亚进行复仇。千劫接受【戒律】来审判阿波尼亚,最终结果证明阿波尼亚无辜
黑盒子计划:第一研究所所长梅比乌斯要求融合战士MSA-209华运送封印第十二律者的黑盒子。实际上梅比乌斯暗中破坏了黑盒子的一部分使得华在运送中遭受第十二律者的侵蚀陷入昏迷,梅比乌斯带领助手苍玄、丹朱对昏迷的华私下进行试验获取第十二律者的样本。苍玄、丹朱对所长梅比乌斯的行为感到无法接受,提出试验结束后自第一研究所辞职。梅比乌斯接受了辞呈并且成功提取到第十二律者的样本开始进行研究,华醒来后梅比乌斯尝试向华问出侵蚀期间的感受未能获取有效情报。
【火种计划】:梅博士基于本世代难以战胜崩坏的前提设立了【火种计划】,提前培育下一世代的人类作为“火种”去战胜崩坏,新时代人类胚胎内全部被设计录入了能够对抗崩坏的基因遗传因子【圣痕】。苍玄、丹朱从第一研究所辞职接受梅博士安排成为【火种计划】协助者。该计划交由具有巨大魅力的前巨星、融合战士伊甸作为执行者并且给予绝对的自主权。伊甸接受任务后将整个计划以及协助者苍玄、丹朱全部转交给融合战士MSA-209华。事后伊甸将【黄金庭院】交给第一研究所所长梅比乌斯。
【方舟计划】:籍由千劫提供的数据,维尔薇正式完成航行宇宙的方舟。将具吞噬进化能力的科斯魔作为执行者带领融合战士格蕾修在对战终焉律者前离开地球,并且在战斗结束后将为新时代准备的“火种”新人类带回地球撒播。
维尔薇完成在【往世乐土】中的【对凯文武装。六六六】将控制权送给爱丽希雅,并且借讨论之名向苏和凯文泄露了梅比乌斯暗中研发的“某物”。凯文下达指令后,维尔薇删除了梅比乌斯投放入【往世乐土】的【拟似律者病毒】
【逐火之蛾】内部陷入猜忌和低沉之中,融合战士内部以及融合战士与普通员工间都充满了不和的气氛。爱丽希雅决定去做什么重新把大家团结在一起
凯文生日19天前,由梅博士发起了针对融合战士CM-002爱丽希雅展开的会议,除融合战士CM-002爱丽希雅的现存11位融合战士与梅博士共同聚集对爱丽希雅的异常进行讨论。会议最终以爱丽希雅是清白作为结论。会议后伊甸和爱丽希雅在星空下展开密谈,爱丽希雅主动坦白自己的异常。伊甸为了安慰爱丽希雅主动进行【人为崩落】
凯文生日18天前,爱丽希雅主动找到梅博士进行仔细的私人体检。体检结束后确认了爱丽希雅的天生律者身份。爱丽希雅决定使用自己的力量去改变未来。在人类持续遭遇巨大损失之后【逐火之蛾】内部陷入猜忌和低沉之中,融合战士内部以及融合战士与普通员工间都充满了不和的气氛。爱丽希雅决定去做什么重新把大家团结在一起,与智能AI普罗米修斯进行交流
凯文生日17天前,爱丽希雅制作12封邀请函准备寄给其他融合战士伙伴(包括已经战死的樱)。与梅博士进行了私人的交谈并且共同规划了未来的计划。
第十三律者讨伐战-最后的舞会:凯文生日16天前,融合战士CM-002爱丽希雅作为第十三律者向融合战士们寄出邀请函,邀请伙伴共同对自己进行讨伐。但是除凯文、阿波尼亚、伊甸、维尔薇外其他融合战士拒绝参与讨伐,【逐火之蛾】基层拒绝协助第十三律者讨伐战。战斗现场,凯文、阿波尼亚、伊甸、维尔薇四位好友共同陪伴爱丽希雅玩耍。最后并且向爱丽希雅的疑问送上自己的答案,爱丽希雅也为好友们留下4朵水晶花作为礼物和【钥匙】。舞会的最后,爱丽希雅成为始源之律者使用自己的权能将自己独有的特性对称性破缺传送回终焉之茧彻底改变下一个时代的律者,在这个过程中对称性破缺的力量也流入了一部分【火种计划】准备的新时代人类胚胎中成为新时代的圣血
醒觉审判:融合战士CM-005阿波尼亚在接受【逐火之蛾】内部某位女性员工的请求后,尝试对她的人格进行改造成为另外一个爱丽希雅,结果以失败告终。以该事件为爆发点,【逐火之蛾】高层对阿波尼亚进行审判,将阿波尼亚过去试图抹消【逐火之蛾】相关者记忆、将驻扎基地600位濒死者的意识共存于一人身体导致大量恶性事件、复制第八律者人格等410项罪行进行审判。阿波尼亚认罪后进行审判的【逐火之蛾】高层反而成为了囚犯,阿波尼亚也决定使用自己的方式进行赎罪。
醒觉审判后,阿波尼亚找到维尔薇。将自己全部的意识以及生命投入【往世乐土】来保存爱丽希雅,维尔薇也在【往世乐土】内留下后门试图交给新时代的继承者向爱丽希雅告知世界的改变。
【圣痕计划】18版:基于爱丽希雅的力量,梅博士、梅比乌斯、维尔薇三人对原版【圣痕计划】进行修改,准备提前启动位于月球的终焉神骸与之交战,借由提前唤醒终焉律者打开联通【虚数之树】的大门,由融合战士帕朵菲利斯将人工智能AI普罗米修斯。17号作为木马病毒发送进【虚数之树】内成为新时代的崩坏意志。由崩坏意志按照预定程序将不规律的律者现象固定为和本世代出现律者一致的权能。以下一世代的理之律者为开始,通过本世代获得的律者能力情报让新时代的“火种”更好的战胜律者并且捕获全部“活”的律者为战胜终焉律者做准备。
【圣痕计划】交给精神系融合战士苏执行,其后在凯文的强烈要求下梅博士将【圣痕计划】转交给凯文执行。
帕朵菲利斯接受任务,在临走前前往融合战士CM-004樱的墓穴进行告别下定决心。告别樱后再在出生地黄昏街埋下自己的宝物。
阿波尼亚死后原本预定负责对战终焉律者的8位融合战士出现空缺,在本人强烈要求下,科斯魔从【方舟计划】执行者转出,成为终焉之战直接参与者
【神之键】犹大的誓约完成,交由融合战士梅比乌斯使用,对崩坏能分解武器【月光王座】完成,备战终焉律者。
第十二律者的【神之键】始终未能完成,梅博士将残余的大量【神之键】轩辕剑交给融合战士千劫备战终焉律者。剩余部分【神之键】轩辕剑交由终焉律者战斗后的生还者带往下个时代为战胜崩坏作为准备。
【神之键】万物停滞改造完成,作为保存【先行者】的冷冻仓为新时代作为准备,第四神之键作为环境修复卫星预定在终焉律者战斗结束后发射向宇宙对被终焉律者破坏的环境进行修复以让“火种”尽快发展文明
【神之键】虚空万藏完成,录入全部已完成【神之键】以及科技资料。由于在制作过程中出现的问题维尔薇首次向梅博士寻求帮助。梅博士将自己的人工智能AI普罗米修斯。18号置入【神之键】虚空万藏下达“对抗崩坏”的指令最终完成了【神之键】虚空万藏
终焉之战:由凯文、科斯魔、伊甸、梅比乌斯、千劫、帕朵菲利斯、华等7位融合战士直接前往月球地表唤醒终焉律者进行战斗,维尔薇负责在月球空中操作对崩坏能分解武器【月光王座】,精神系融合战士苏在地面协同【逐火之蛾】其他成员协助战斗。战斗开始后3分钟内,融合战士帕朵菲利斯将人工智能AI普罗米修斯。17号作为木马病毒发送进【虚数之树】内成为新时代的崩坏意志,但是本人也在强烈的【崩坏能】冲击中身亡。融合战士千劫不敌终焉律者的力量被打倒战死。面对绝望的战局,梅博士指示维尔薇全力解放【月光王座】200%运作功率以损坏为代价分解了终焉律者30%的【崩坏能】,凯文也发挥【神之键】天火圣裁的全力一击成功击昏终焉律者争取到12小时的收尾时间。融合战士伊甸进行【人为崩落】以巨大的崩坏兽姿态护送生还的战士凯文、梅比乌斯、华回归地球。【逐火之蛾】指挥者梅博士在紧张的指挥、空白之键留下的旧伤交织下脱力死亡。梅博士在临死前将自己的基因和恋人凯文的基因结合制造了孩子卡斯兰娜。回到地球后的凯文看着恋人的尸体和孩子留下无声的冰泪。苏在梅博士临死前接受了分配的【监察者计划】防止凯文作出过激行为。
终焉灭世前1小时,【神之键】万物停滞准备完成。【先行者】准备就绪可以进入休眠舱,伊甸离开休眠舱前往地表,梅比乌斯前往劝导伊甸未果,陪伴倾听伊甸的歌声。融合战士华提前进入休眠舱。
终焉灭世前3分钟,伊甸完成最后的演唱,梅比乌斯前往基地会见人工智能AI普罗米修斯。17号进行最后的会谈。助手克莱因前往寻找梅比乌斯未果,与人造仿生人灰蛇共同见证了梅比乌斯留下的录像,并试图理解博士最后的话语-“未来,是我为你最后留下的无限”
终焉灭世开始,前文明-毁灭。