他们原计划把修道院院长的桌子将放在餐厅的另一端(那里也有其他壁画),这样桌子就能面对耶稣和使徒们,壁画下面是供修道士进入餐厅的通道。他们的长餐桌从餐厅的一端一直延伸到另一端,似乎在和画中人共同进餐。桌子的一边是耶稣,另一边是院长。
然而不幸的是,列昂纳多并没有把这当成一次单纯的壁画创作,而是试验了一些颇具风险的技术,在潮湿的石膏墙上使用了蛋彩颜料。他按照自己的喜好把颜料与蛋清、油或是清漆在干的灰泥墙上调合。这是一种非传统的混合方法,不能被墙吸收。因此,他的整幅壁画只有薄薄的一层和墙粘在一起,没过多久就因为潮气析出的盐分而片片剥落。就画本身而言,它可能是一幅杰作,但从壁画保存角度来说却是一场灾难,这是列昂纳多为数不多的失误。如最近艺术史学家利奥&iddot;斯坦伯格所言,&ldo;列昂纳多&iddot;达&iddot;芬奇的《最后的晚餐》是艺术史上最伟大的杰作,但从来就没有真正存在过&rdo;
早在1540年,这幅作品就已经被形容为&ldo;只剩下一半了&rdo;1560年的记录显示,它的大部分颜料已经消失。在斑驳的残留物中,未上颜料前的草图清楚地显露出来。1568年,历史学家保罗&iddot;罗纳佐曾写道:&ldo;这幅壁画已经完全毁了&rdo;十年后,参观了修道院的乔尔乔&iddot;瓦萨里痛心地说:&ldo;除了一堆污点,这里什么都没有了&rdo;在接下来的几个世纪里,情况越来越糟。共有19个画家企图复绘列昂纳多的杰作,厚厚的颜料和胶粘剂让原作完全不见天日。
1624年,这幅壁画几乎被视为无物。因此,修士们才会毫无顾虑地在墙上开了一个大大的门洞方便通行。此举不但砍掉了耶稣和两侧门徒的双脚,榔头的重击还震掉了更多颜料
现在要保存这种上色不牢的早期壁画是很容易的事情。但在那个年代,如果壁画是在一面析水的墙上,人们就对此毫无办法,只能听任盐分让画和墙面分离。1726年,修道士们决定修复壁画,然而这个决定却他们敲响了这幅杰作的丧钟。他们找来了一个叫米开朗基罗&iddot;贝罗蒂的二流画家,此人称自己有一个秘方能让壁画重放光彩。在得到修道士同意后,他用床单和帆布把工作的地方遮挡起来,然后就消失在布帘后面,开始变魔术。时间一周周地流逝,没有人敢到布帘后面看一眼,因为他警告过千万不能偷看。
终于有一天,贝罗蒂拉开了布帘,向他们展示了一幅焕然一新的壁画。修道士们都大吃一惊,他们做梦都没有想到壁画的色彩会变得如此辉煌。欢欣鼓舞的修道士们付给贝罗蒂一大笔钱作为报酬。实际上,他只不过是在列昂纳多的壁画上画了一幅自己的画。
没过多久,贝罗蒂粗糙的颜料就因为窗外透进的阳光而褪色,壁画开始疯狂地脱落。后来有不少人试图将脱落的画粘回去,但收效甚微。1770年,修道士们决定进行另一次大修复。朱塞佩&iddot;玛扎竟然带着一幅扑克牌来了!他的办法是用扑克牌把表面将要脱落的颜料和泥灰全部刮掉,然后将墙上坑洼不平的洞补上,再涂上新颜料,只要远处看是一幅完整的画就行了。
1796年,拿破仑&iddot;波拿巴的大军到达此处。在看到这间大餐厅后,他们认为拿来当粮草弹药库简直再合适不过了。法国传记和游记作家亨利&iddot;司汤达曾在书中写道:骑兵们取乐的方法竟然是向壁画掷砖头,谁能打中使徒们的脑袋谁就赢了这幅壁画遭受的苦难至此还远未结束!
1800年,这幅壁画下的大门终于被封上了,这也是我们现在看到的模样。但是没过多久,房子就被水淹了,整个餐厅浸泡在水里,使壁画更加松动。1807年,圣玛利亚感恩修道院被征用为兵营,人们这时才对餐厅通风、清洁并且重新粉刷。《最后的晚餐》的情况虽然没有好转,但至少终于有人精心保护它了。1821年,斯蒂芬诺&iddot;贝拉兹计划将整幅壁画从墙上挪下来以便保护,但他很快就放弃了,因为在刚开始处理时就毁掉了一大块桌布。
壁画家路易吉&iddot;卡维纳奇于1906到1908年对它进行了大范围修复。但由于壁画颜料本身的特点,他只修复了损毁的部分,让脱落和复绘的地方保持了原状。在他之后,修复师奥雷斯特&iddot;西尔维斯特里于1924年用淡黑色灰泥将画的边沿封住。1943年8月15日,战争的炮火几乎将餐厅毁灭。幸运的是,由于之前北面的墙已经用沙袋保护起来,所以《最后的晚餐》还是完好无缺。但是随着战事的继续,沙袋中的沙子变得潮湿起来。在一年多的时间里,这幅壁画所处的环境极其恶劣。
后来重建餐厅的时候,马罗&iddot;佩里西奥里将壁画彻底清洁了一番,将上面的霉变去除,在所有可能的地方用虫胶固定。这项工作一直持续到1954年,他固定了整幅壁画,画面的颜色也恢复了以前的光彩,但他并没有把后来复绘的部分去掉。摄影师将修复完的《最后的晚餐》拍了下来,这就是我们在20世纪后期看到的和《蒙娜丽莎》一样广为人知的经典杰作。然而很少有人知道,照片上的所有部分几乎都不是出自列昂纳多&iddot;达&iddot;芬奇之手。从瓦萨里在1560年写下&ldo;一堆污点&rdo;时,列昂纳多的原作就几乎不复存在。在目前满是粘合剂和复绘的作品之下,只有不到15是原作,而这15仍在继续消失。