仍然称自己是朝廷封的大都护。此后,莎车国王贤越来越骄横,
要求西北边疆的各个民族向莎车缴纳赋税,还多次进攻龟兹诸国,
由此引发了西北边疆的不稳定,同时也损害了朝廷的政治形象。
建武二十一年(45年),西域鄯善、车师等十六国“皆遣子入侍奉献,愿请都护。
刘秀以“中国初定,未遑外事,乃还其侍子,厚加赏赐”。
建武十二年(36年),九真郡徼外蛮里张游内附汉朝,
光武帝封为归汉里君。翌年,南越徼外蛮夷献白雉、白菟。
至十六年,交址郡女子征侧及其妹征贰造反,攻击郡城。
九真、日南、合浦的少数民族都纷纷响应,攻陷六十五城,自立为王。
交址刺史及诸太守仅得自守。光武帝乃诏长沙、合浦、交址具车船,
修道桥,通障溪,储粮谷。建武十八年(42年),
光武帝派遣伏波将军马援、楼船将军段志,发长沙、桂阳、零陵、苍梧兵万余人讨之。
翌年夏四月平定叛乱,斩征侧、征贰等,其余都投降,
将其渠帅三百余口迁徙到零陵。
光武帝在位时,武陵蛮强盛。建武二十三年(47年),
武陵蛮精夫(酋长)相单程等据其险隘,骚扰郡县。
光武帝遣武威将军刘尚发南郡、长沙、武陵兵万余人,
乘船溯沅水入武溪讨伐武陵蛮,全军覆没。
建武二十四年(48年),相单程等下攻临沅,光武帝派遣谒者李嵩、
中山太守马成讨伐,不能消灭。翌年春,光武帝又遣伏波将军马援、
中郎将刘匡、马武、孙永等率兵至临沅,击破相单程,相单程投降,
东汉在当地设置吏司,武陵蛮问题遂告解决。
光武帝平定公孙述后,亦开始经营西南夷地区。
他封保境安民的益州郡太守文齐为镇远将军、成义侯,承认邛都夷人长贵的邛谷王、
越巂太守的地位。对于少数民族叛乱则予以镇压,
如建武十八年(42年),夷渠帅栋蚕与姑复、楪榆、梇栋、连然、滇池、
建伶、昆明诸种反叛,杀长吏。光武帝于翌年派遣武威将军刘尚等发广汉、
犍为、蜀郡人及朱提夷,合万三千人讨伐,建武二十年(44年)
与栋蚕等连战数月,全部击破。翌年正月,追至不韦,斩栋蚕帅,
平定云南地区,同时刘尚又派兵诛杀了企图借劳军为名毒杀他的长贵,
迁徙其家属于成都。建武二十七年(51年),
哀牢王贤栗等率部众向越巂太守郑鸿投降,请求内属。
光武帝封贤栗等为君长。从此哀牢每年都来朝贡。
对东、北少数民族
建武年间,东夷各族都来东汉朝贡觐见。建武二十五年(49年),
夫余王遣使奉贡,光武帝给予丰厚回报,于是每年都有使者朝贡。
王莽时,贬高句骊王为下句骊侯,导致东北边疆不安。
光武帝即位后,高句骊遣使朝贡,光武帝复其王号。